產品碳足跡關鍵性審查作業流程共分為3個階段：階段1文件檢核、階段2專業審查，以及階段3核發總結報告。各步驟作法，說明如下(以下所列作業時間與專業委員的人數，皆是針對單一個產品)，詳細內容請參閱碳足跡關鍵性審查廠商申請須知（請至：平台關鍵性審查專區之「相關文件」下載）:
（一） 文件檢核
- 文件檢核階段係為平台管理單位分別就文件完整性、數據及係數引用合理性進行檢核。
- 文件檢核的時間規劃，從成案起次日到平台管理單位完成文件檢核為止，預計最多7個工作日(不計申請者資料補正與意見回覆時間)。在此期間若申請者若須進行審查意見之回覆與補件，從通知到完成意見之回覆與補件不得逾5個工作日。
- 若逾時未收到申請者的回覆，自審查回覆期限當天起，每逾2個工作日稽催1次。
（二） 專業審查
本階段首次專業審查預計為5個工作日，所發現的缺失，經通知申請者後，允許申請者於5個工作日內進行資料的補正；若逾時，每一回合最多允許延長2個工作日。經補正後之內容，專業委員每次複審應於2個工作日內完成，若委員仍認為申請者回覆之資料仍有待釐清或修正補充，得再連續通知申請者進行相關資料的說明或修正補充，直至所有應修正或補充的內容均獲委員審查同意通過為止，總計此階段累計不得超過30個工作日(不計申請者資料補正與意見回覆時間)。若逾30個工作日仍無法完成專業委員所指定之說明或修正補充者，將由主審或現勘委員裁示達成審查不通過之決議，並結案。
（三） 核發總結報告
經專業審查認可通過之案件，平台管理單位將提供總結報告及聲明書，以提供申請者進行後續的應用或做為碳/減碳標籤申請之佐證文件。